Във Факултета са утвърдени и функционират следните комисии:
- Комисия по учебна дейност и планове
- Комисия по научна работа и проекти
- Комисия по акредитационни процедури и контрол на качеството на обучение
- Комисия по международно сътрудничество
- Комисия по етика
- Комисия по атестиране на академичния състав
- Комисия по въпроси, свързани с млади учени и постдокторанти